المقترح البحثي (البروتوكول) هو وصف مفصل للاستخدام المقترح للحيوان في البحث. يجب مراعاة و استيفاء النقاط التالية عند إعداد البروتوكول من قبل الباحث حيث انها تؤخذ في الإعتبار عند مراجعة المقترح من اللجنة:

• التبرير لاستخدام الحيوان في التجربة و الغرض منه.

• وصف واضح و موجز للإجراءات و المعاملات التي تشمل استخدام الحيوان.

• مدى توافر أو ملاءمة استخدام الإجراءات الأقل توغلاً، أو الأنواع الأخرى من الحيوانات، أو الأعضاء، أو الانسجة المعزولة، أو زراعة الخلايا، أو الأنسجة، أو نظم محاكاة الحاسوب كبديل للحيوان في البحث.

• مدي وضوح عنوان المقترح و ملاءمته للمحتوي.

• التصميم المناسب للتجربة.

• سلامة إجراءات تجمع عينات الدم و الانسجة و تشريح الحيوان.

• تبرير لنوع و عدد الحيوانات المقترح للبحث.

• الازدواجية (التكرار الزائد) غير الضرورية للتجربة.

• متطلبات الإسكان و التربية غير الاعتيادي.

• تأثير اجراءات و معاملات التجربة على رفاهية و اراحة الحيوان.

• تسكين الالم و التخدير.

• إجراءات العمليات الجراحية.

• رعاية الحيوان و ملاحظته بعد الإجراءات الجراحية.

• الوصف و التبرير لنهاية التجربة.

• معايير عملية للتدخل في الوقت المناسب، لاستبعاد الحيوانات من الدراسة، أو للقتل الرحيم في حالة توقع نتائج مؤلمة أو مرهقة.

• طريقة القتل الرحيم للحيوان.

• طريقة التخلص الامن من الحيوانات بعد الانتهاء من الدراسة.

• استخدام المواد الخطرة و توفير بيئة عمل آمنة.

في حين أن مسؤولية مراجعة المحتوي العلمي للبروتوكول و كفائته تقع عادة خارج نطاق عمل MU-ACUC و يتم تقييمها من جهات اخري و في أوقات أخري، فإن MU-ACUC تقيم العناصر العلمية للبروتوكول من حيث صلتها برفاهية و اراحة الحيوان المستخدم في الدراسة.